Eduardo Marques foi mais um daqueles jogadores que despontaram como promessa nas categorias de base do Santos e logo despertaram a atenção dos torcedores. O meia começou a se destacar no Paulistão de 2018, com dois gols em quatro jogos pela equipe profissional.
No Brasileirão daquele ano, Eduardo Marques assumiu a missão de ser um dos comandantes do time, que parou apenas nas semifinais diante do Corinthians. Ele participou de 18 jogos na campanha e fez três gols.
Três que poderiam ser quatro. No segundo confronto contra o Sport, pelas quartas de final, ele soltou uma bomba de fora da área e venceu o goleiro Bosco. O árbitro deu gol, os santistas comemoraram, mas, após uma intervenção externa, o árbitro Jorge Travassos foi informado de que a bola entrou por fora e o gol foi anulado (veja vídeo abaixo).
Eduardo Marques também fez parte da equipe campeã da Copa Conmebol de 98, mas teve participação discreta pelo clube em 99. Ele só voltou a aparecer com destaque no Paulista de 2000, quando foi marcado por um golaço nas semifinais diante do Palmeiras. O Peixe perdia o confronto por 2 a 0, mas Eduardo Marques saiu do banco, soltou uma bomba de fora da área e diminuiu. O Santos virou o jogo e foi para a decisão diante do São Paulo.
Em 2011, deixou o Santos com destino ao Sport. Passou ainda por Guarani, Belenenses, reapareceu em 2003 no Grêmio e começou a se aventurar pelo mundo após isso. Jogou em Israel, no Japão e encerrou a carreira no Chipre.
Pelo Peixe, foram 69 partidas e 10 gols marcados.
sempre relembro os gols q vc fez no peixe.jogou muito.fica com DEUS.abracos de seu colega chaparral